Dini qurumlar bildirir ki, «Dini etiqad azadlığı haqqında» qanundakı bəzi məqamlar da qeydiyyata problemlər yaradır. Həmin qanuna görə, qeydiyyat üçün müraciət edən bütün müsəlman icmaları Qafqaz Müsəlmanları İdarəsindən rəy almalıdır. Bir sıra icmalar isə bunu düzgün saymırlar. Bu cür qurumların bəziləri hətta qeydiyyata alınmaq naminə olsa da, QMİ-yə rəy üçün müraciət etmək istəmirlər. «İçəri Şəhər Cümə Məscidi» Dini İcmasının rəhbəri İlqar İbrahimoğlu kimi: «Biz də o razılığı almaq istəmirik. Çünki bir müstəqil icmanın başqa icmadan rəy alması ayrı-seçkilikdir».
Ancaq Dini Qurumlarla İş Üzrə Dövlət Komitəsində İlqar İbrahimoğlunun fikirlərini əsassız hesab edirlər. Komitənin Mətbuat Xidmətinin rəhbəri Aqil Hacıyev deyir ki, QMİ dövlətin etimad göstərdiyi, mərkəzləşmiş bir qurumdur. Ona görə də başqa icmaların qeydiyyatı üçün bu idarənin rəy verməsi təbii haldır. QMİ-nin Mətbuat Xidmətinin rəhbəri Hacı Akif Ağayev isə bildirir ki, bəzi icmaların bu məsələni problemə çevirmələri onların xoş niyyətlərindən xəbər vermir: «Əgər bir icmanın məqsədi vicdan azadlığını, Allaha ibadəti təmin etməkdirsə, biz onlara hər cür şərait yaradırıq. Bəlkə onların başqa məqsədləri var?»
Dinşünas alim Altay Göyüşov isə deyir ki, bütün bu mübahisələrə son qoymaq üçün ölkədə vicdan azadlığı ilə dövlətin təhlükəsizliyi arasında ortaq məxrəc tapılmalıdır. Onun sözlərinə görə, bir tərəfdən qeydiyyat üçün müraciət edən icmalara QMİ-nin rəy verməsi normal haldır. Ancaq başqa tərəfdən də icmalar arasında ayrı-seçkilik yolverilməzdir. Cənab Göyüşovun fikrincə, mövcud qanunvericilik Azərbaycandakı reallıqlara cavab vermir: «Cəfəri» təriqətindən olan bir müsəlmanın lideri Azərbaycandan kənardadır. Sabah bir məsələylə bağlı onun lideri bir fitva verə bilər, QMİ başqa fitva. Problem onda yaranacaq».
Altay Göyüşov ziddiyyətin həllini iki yolda görür. Ya Azərbaycanda vicdan azadlığı mütləq şəkildə həllini tapmalı və qanundan həmin tələb çıxarılmalıdır. Ya da Qafqaz Müsəlmanları İdarəsi bütün dünyadakı müsəlman icmaları ilə əlaqələri gücləndirib onlarla dil tapmalıdır.
Parlamentin İnsan Haqları Daimi Komissiyası da «Dini etiqad azadlığı haqqında» qanuna bəzi düzəlişlər hazırlayıb. Bu düzəlişlərlə bağlı mətbuata geniş bilgi verilməsə də, komissiyanın sədri Rəbiyyət Aslanovadan aldığımız məlumata görə, qanunun 7-ci maddəsinin - yəni icmaların qeydiyyatı üçün QMİ-dən rəy almasının qüvvədə saxlanılacağı gözlənilir. Ancaq Dini Qurumlarla İş Üzrə Dövlət Komitəsindən bildirildiyinə görə, həmin maddənin saxlanılacağını bəri başdan qəti olaraq demək düzgün olmazdı. Çünki bütün təkliflər müzakirə oluna bilər.