«Dini missionerlər Azərbaycana sovetlər sistemi dağılandan sonra gəldilər. Ancaq onların çoxu qalıcı olmadı. Yalnız cəmiyyətdəki boşluqları yaxşı bilən missioner qurumlar özlərinə az-çox tərəfdar tapa bildilər». Filosof Niyazi Mehdi belə deyir. Onun fikrincə, indi Azərbaycanda daha çox İrandan gələn qatı şiəlik, Birləşmiş Ərəb Əmirliklərindən ixrac edilən vəhhabilik, Türkiyədən ötürülən nurçuluq, bir də Avropadan ayaq açan xristianlıq mövqe qazanıb:
«Əslində dünyada nə qədər çox təriqət olsa, bir o qədər yaxşıdır. Belə olanda, plüralizm olur, bir din monopoliya yaratmır. Azərbaycan hakimiyyəti, hüquq-mühafizə orqanları insan haqlarını, dini azadlığı pozmadan bu işlə məşğul olsunlar ki, təriqətlər də qanunu pozmasınlar. Çünki təriqətlər tolerantlıq baxımından yolverilən olaylardır».
N.Mehdinin sözlərinə görə, cəmiyyətdə fikir fərqliliyi nə qədər bəyənilən olsa da, missionerlik insanların ruhi ehtiyaclarının ödənməsindən çox, siyasi məqsədlərə dayananda təhlükəyə çevrilir:
«Özünü müsəlman adlandıran nurçular islamın müqəddəs kitabı Qurani-Kərimi təbliğ etmək yerinə, liderləri Səyid Nursinin kitabındakı ideyaları yayırlarsa, bu, heç də birmənalı qarşılanmayacaq».
İlahiyyatçı İlqar İbrahimoğlu isə hesab edir ki, «Əbu-Bəkr» məscidində insan tələfatı ilə nəticələnən partlayışdan sonra dini missionerliyə diqqət artıb. Onun sözlərinə görə, missionerlər Azərbaycanda tərəfdar axtaranda daha çox
narazı insanlara üz tuturlar. Bu narazılıq isə daha çox sosial, qismən siyasi problemlər üzərində köklənib. Ağır sosial durumda yaşayan, eyni zamanda təhsil səviyyələri ilə seçilməyən insanları öz tərəflərinə çəkmək isə missioner qurumlar üçün elə də böyük problem deyil:
«Bu isə yalnız maarifçiliklə ola bilər».
Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsinin təmsilçisi Gündüz İsmayılov isə deyir ki, bir neçə il öncə Azərbaycanın bir sıra regionlarında işləyən «Yeqova şahidləri» missioner qrupu da ağır sosial şərtlər altında yaşayan qadınları öz yollarına çəkə bilirdilər. Onlar qadınları dünyanın sonunun gəldiyinə, əgər onların yoluna gəlməsələr, məhv olacaqlarına inandırmağa çalışırdılar. Gündüz İsmayılov deyir ki, belə dini cərəyanların Azərbaycan cəmiyyətində ciddi dayaqlar tapması mümkün deyil. Çünki bunların Azərbaycanda əsrlərdir oturuşmuş təkallahlılıqla heç bir bağlılığı yoxdur:
«Sosial problemlər ucbatından hər hansı sektaya üz tutanların orada uzun müddət qalması mümkün deyil. Missioner qurumlar bunu başa düşdülər. İstər-istəməz buradakı işlərilə bağlı ayırdıqları maliyyəni azaltmağa başladılar. Xüsusilə qeyri-ənənəvi xristian icmalarının timsalında deyə bilərəm ki, onların işi son iki ildə xeyli zəifləyib».
Ekspertlər hesab edirlər ki, Azərbaycanda islamın şiəlik qolunun tarixi köklərinin olmasına baxmayaraq, İrandan Azərbaycana yeridilən dini ideologiyanı heç də cəmiyyət üçün zərərsiz saymaq olmaz. Baxmayaraq ki, məscidlərdə İran mollalarının moizələrini dinləyənlər Tehranın təsiri altında olduqlarını demirlər:
«Azərbaycan müsəlmanlarını İrana bağlamaq istəyənlər bizi istəməyənlərdir».
Rəsmi Bakı ölkədə tolerantlıq mühitinin hökm sürdüyünü bildirsə də, ABŞ Dövlət Departamentinin Azərbaycandakı dini durumla bağlı hesabatında ara-sıra vətəndaşların vicdan azadlıqlarına müdaxilə edildiyi vurğulanır. Sənəddə göstərilir ki, Azərbaycanda 600-dən artıq dini icma var. Ancaq bəzən qanunlardakı boşluqlardan yararlanan hökumət onların işinə müdaxilə edir. Dövlət Departamentinin hesabatında bildirilir ki, rəsmi Bakı bir çox xarici missionerlərin ölkədəki dini tolerantlıq ənənəsini pozduğunu iddia edir.