Uzun müddət Universitetin həmin fakültəsində müəllim və dekan müavini vəzifələrində çalışıb.
1989-1992-ci illərdə Təhsil Nazirliyində ali təhsil idarəsinin rəisi və nazir müavini vəzifələrində işləyib.
1992-1996-cı illərdə BDU-nun tədris işləri üzrə prorektoru, 1997-ci ildə Universitetin rektoru olub.
Son 15 ildə isə Təhsil naziri vəzifəsində çalışırdı.
“Əməkdar elm xadimi”, "Şöhrət" ordeni ilə təltif edilmiş Misir Mərdanov hakim Yeni Azərbaycan Partiyasının Siyasi Şurasının və İdarə heyətinin üzvüdür.
Azərbaycan mediası onun hakimiyyətdə əslən Ermənistandan olan klanın qeyri-rəsmi rəhbəri kimi təqdim edirdi. 2005-ci ildə Səhiyyə naziri Əli İnsanovun həbs edilməsindən dərhal sonra Bakının dəbdəbəli otellərindən birində mətbuat konfransı keçirən Misir Mərdanov hakimiyyətdəki ermənistanlıların president İlham Əliyevə dəstəyinin davam edəcəyini demişdi.
Azərbaycan mediası həm də Misir Mərdanovun son illər Prezident Administrasiyasının rəhbəri Ramiz Mehdiyev və Tələbə Qəbulu üzrə Dövlət Komissiyasının rəhbəri Məleykə Abbaszadə ilə ciddi münaqişədə olduğunu yazırdı.